הצגת המקור של הדף "דיאגרמת ראמצ'נדרן"

'''דיאגרמת ראמצ'נדרן''' (ב[[אנגלית]]: '''Ramachandran plot'''; מכונה גם "מפת ראמצ'נדרן" או "[[תרשים]] ראמצ'נדרן", על שמו של [[גופאלאסמודרם ראמצ'נדרן]]) ממפה את [[זווית דו-מישור|הזוויות הדו-מישוריות]] בין [[קשר כימי|הקשרים הכימיים]] לאורך שרשרת [[חומצת אמינו|חומצות האמינו]] המרכיבות [[חלבון]] נתון. הדיאגרמה משמשת לבחינת תכונות בסיסיות של החלבון, להשוואה בין חלבונים שונים ולחשיפת שגיאות במבנה חלבוני מוצע.
[[קובץ:Ramaplot.png|ממוזער|290px|דיאגרמת ראמצ'נדרן של החלבון [[PCNA]] המשמש לאחיזת [[DNA]] ומכיל [[סליל אלפא|סלילי אלפא]] ו[[משטח בתא|משטחי בתא]]. הנקודות הפזורות לאורך צירי הדיאגרמה מתאימות לשיירים שבקצות השרשרת ה[[פפטיד]]ית, עבור כל אחת משלוש תת-היחידות המרכיבות את החלבון.]]

ניתן לתאר את הדיאגרמה כ[[גרף פונקציה|גרף]] של [[פונקציה]] מהצורה:
<math>f: \left[-\pi,\pi\right] \times \left[-\pi,\pi\right] \rightarrow \mathbb{R_{{}+{}}}</math>.

הזווית<math>\ \phi</math>בין האטומים <math>\mathrm{C^{\prime}-N-C^{\alpha}-C^{\prime}}</math> ממופה לציר האופקי x, והזווית <math>\ \psi</math> בין האטומים <math>\mathrm{N-C^{\alpha}-C^{\prime}-N}</math> ממופה לציר האנכי y.

[[אפקט סטרי|הפרעות מרחביות]] הדדיות בין חומצות אמינו שכנות מאלצות את מרבית הזוויות בחלבון לתחומים זוויתיים מוגבלים (ראו איור). אילוצים חריפים ביותר קיימים על הזוויות המותרות בין הקשרים עם חומצת ה[[אימינו]] <!--אין כאן תקלדה, פרולין היא חומצת imino ולא אמינו-->[[פרולין]]. לעומת זאת [[גליצין]], חומצת האמינו הקטנה ביותר, מסוגלת ליצור זוויות חריפות יותר עם החומצות השכנות לה הודות לשייר הקטן שלה - [[פרוטון]] בודד. לכן גליצין משמשת לעיתים כציר סיבוב בין חלקים שונים בחלבון. גם [[אספרגין]] ו[[אספרטט]] מסוגלות להימצא לעיתים בזוויות חריגות על ידי יצירת [[קשר מימן]] נוסף המייצב את [[קונפורמציה (כימיה)|הקונפורמציה]] החריגה{{הערה|1=[http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS95/course/3_geometry/rama.html Ramachandran Plot]|כיוון=שמאל}}. הימצאות זוויות בין חומצות אמינו אחרות מחוץ לתחומים המותרים בדיאגרמה עשויה להעיד על [[אתר פעיל]] בחלבון. עם זאת, אם חלק ניכר (~רבע או יותר) מהזוויות בחלבון נתון פזורות מחוץ לתחומים המותרים בדיאגרמה, יש מקום לחשוד כי נפלו שגיאות בפענוח מבנה החלבון. בפרט, יש לצפות לגמישות זוויתית מועטה יותר בלב החלבון מאשר בשפתו.

הדיאגרמה פותחה בשנת [[1963]] על ידי V. Sasisekharan, תלמידו של ה[[פיזיקה|פיזיקאי]] ה[[הודו|הודי]] הנודע [[גופאלאסמודרם ראמצ'נדרן]].

ניתן להשתמש בדיאגרמה באופן דומה לייצוג הזוויות ב[[רב-סוכר]]ים ומבנים [[פולימר]]יים אחרים.

==ראו גם==
*[[מבנה שניוני]]
*[[קונפורמציה (כימיה)]]

==קישורים חיצוניים==
{{ויקישיתוף בשורה}}
*[http://www.pymolwiki.org/index.php/DynoPlot DynoPlot - תוכנה חופשית לשרטוט דיאגרמות ראמצ'נדרן] {{Webarchive|url=https://web.archive.org/web/20170606172017/https://pymolwiki.org/index.php/DynoPlot |date=2017-06-06 }}
*[http://www.cryst.bbk.ac.uk/PPS95/course/3_geometry/rama.html עוד על הזוויות המותרות בדיאגרמת ראמצ'נדרן]

==הערות שוליים==
{{הערות שוליים|יישור=ימין}}

[[קטגוריה:סטריאוכימיה]]
[[קטגוריה:ביוכימיה]]
[[קטגוריה:דיאגרמות]]