הצגת המקור של הדף "מבנה שניוני"

'''המבנה השניוני''' ב[[חלבון]] הוא מושג ב[[ביוכימיה]], המתייחס למבנים מאפיינים של השרשרת הראשית של [[חומצת אמינו|חומצות האמינו]] (לעיתים נקרא גם שלד) של הפוליפפטיד. מבנים שניוניים הם בדרך כלל אלמנטים מחזוריים, הנובעים מ[[קשרי מימן]] בין קבוצות ה-NH וה-CO של ה[[קשר פפטידי|קשרים הפפטידיים]] בשרשרת הראשית. קבוצות השייר של חומצות האמינו אינן מעורבות בייצוב המבנה השניוני. 

==מבנים עיקריים==
[[קובץ:AlphaHelixProtein.jpg|ימין|ממוזער|70px|סליל אלפא]][[קובץ:Betasheet.png|שמאל|ממוזער|140px|שני גדילים במשטח בטא]] 
ישנם ארבעה סוגי מבנים עיקריים:
* [[סליל אלפא]] ('''alpha helix''') - המבנה השניוני הנפוץ ביותר. זהו מבנה סלילי, כדוגמת קפיץ, בדרך כלל בעל סיבוב ימני. הצורה הסלילית נוצרת בזכות קשרי מימן הקושרים בין כל חומצה אמינית לחומצה האמינית הרחוקה ממנה מרחק ארבע חומצות אמינו ברצף החלבון.
* [[משטח בטא]] ('''beta sheet''') - מבנה של משטחים הנוצר על ידי קשרי מימן בין מקטעים מקביליים של השרשרת הפוליפפטידית. כל מקטע במשטח בטא נקרא גדיל. משטחים בעלי פחות מ-4 גדילים הם נדירים, עקב חוסר יציבות. מבנה אופייני מורכב מ-6 גדילים.
* סיבוב ('''turn''') ולולאה ('''loop''') - תפקידם הוא הפיכת כיוון השרשרת הפוליפפטידית.
* [[אתר פעיל|האתר הפעיל]] של חלבון המשמש כ[[אנזים]]. זהו האתר בו נעשית הפעילות הכימית ה[[קטליזטור|קטליטית]] של החלבון.
[[קובץ:ProteinStructures.gif|שמאל|ממוזער|200px|היררכיית מבנה החלבון]]

==קיפול החלבון למבנה השניוני== 
בהנחה שלכל [[חומצת אמינו]] יש שלושה מצבים שונים שבהם היא יכולה להיות ([[אלפא הליקס|סליל אלפא]], [[משטח בטא]] או מבנה אקראי), אז מספר האפשרויות של [[קיפול חלבונים|קיפול חלבון]] הוא <math> 3^n </math>, כאשר n הוא מספר [[חומצות האמינו]] בחלבון. לכן אפילו בחלבון לא גדול במיוחד מספר אפשרויות הקיפול עצום. למרות זאת, בתוך התא קיפול החלבון לוקח שניות מעטות. נראה כי בעת קיפול החלבון, החלבון אינו עובר דרך כל ה[[קונפורמציה (כימיה)|קונפורמציות]] האפשריות, אלא קיפול החלבון לקונפורמציה מסוימת, בעלת האנרגיה הנמוכה ביותר, מונע את ההיתכנות של רבות מהאפשרויות האחרות, ולכן תחום אפשרויות הקיפול האפשריות מצטמצם מאוד עם התקדמות קיפול החלבון.

==ניבוי מבנים שניוניים==
קיימות מספר שיטות לניבוי מבנים שניוניים. ידועה במיוחד שיטת Chou-Fasman, שיטה הסתברותית נפוצה לקביעת המבנים השניוניים בחלבון. שיטה זו מסתמכות על הרכב המבנים השניוניים של חלבונים שהמבנה המרחבי שלהם נקבע ב[[קריסטלוגרפיה בקרני רנטגן]]. לכל חומצה אמינית נקבעה ההסתברות להופעתה ב[[סליל אלפא]] או ב[[משטח בטא]]. לדוגמה, הסתברות נמוכה של חומצה אמינית מסוימת במבנה שניוני עשויה לרמז כי חומצה אמינית זו מפריעה לייצוב המבנה השניוני הזה (בשל הפרעה מרחבית, חשמלית וכדומה).

==ראו גם==
*[[דיאגרמת ראמהצ'אנדרן]]
*[[סליל אלפא]]
*[[משטח בטא]]
*[[מבנה ראשוני]]
*[[מבנה שלישוני]]
*[[מבנה רביעוני]]

==קישורים חיצוניים==
{{ויקישיתוף בשורה}}

[[קטגוריה:ביוכימיה]]